De directeur van Muzerij heeft een nauwe samenwerking met de directeuren van de Nuwelijnscholen en is onderdeel van het directeurenberaad van Muzerij en Nuwelijn. De directeuren van de opvang en de scholen zijn integraal (school)leider. Zij dragen de verantwoordelijkheid voor opvang of onderwijs, personeelsbeleid, het beheer en de strategische beleidsvoering op de opvanglocatie/school. Zij leggen over de bereikte resultaten periodiek verantwoording af aan de directeur-bestuurder. Adjucten, locatieleiders en het bestuurskantoor ondersteunen hen bij de uitvoering van hun werk. Afstemming, informatie-uitwisseling en beleidsvoorbereiding vindt plaats in het directeurenberaad.
De directie van de scholen en de opvang bestaat uit de volgende directeur:
